Розлючений через те, що Тодзі майже загинув від рук його власного Євангеліону, Сіндзі відмовляється знову пілотувати Євангеліон і готується покинути Токіо-3 назавжди. Він змушений переглянути своє рішення, коли новий надзвичайно руйнівний ангел атакує саме тоді, коли він збирається піти…